PD-1: studio bioinformatico della proteina e valutazione dell’efficacia terapeutica in combinazione di immunoterapia.
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Abstract
INTRODUZIONE
Per funzionare in modo corretto le cellule del sistema immunitario (in particolare i linfociti T) necessitano di sistemi di attivazione e spegnimento (i cosiddetti “checkpoint”) che regolano la loro attività. I tumori sono in grado di sfruttare i sistemi citati a proprio vantaggio, mentre i farmaci immunologici agiscono interferendo con questo meccanismo.
Verrà approfondito lo studio della proteina hPD-1 da un punto di vista bioinformatico, con costruzione del modello della struttura terziaria della proteina associata al suo ligando hPDL-1, e confrontata la struttura proteica con la struttura dell’anticorpo monoclonale Nivolumab inibitore del complesso.
MATERIALI E METODI
Per la caratterizzazione bioinformatica delle proteine PD1, del suo ligando PDL1 e dell’anticorpo inibitore anti PD1 sono stati utilizzati algoritmi e programmi come JPred e TMHMM per la previsione della struttura secondaria della proteina e delle eliche trans membrana, ed il programma STRING per avere una previsione dei processi di interazione con altre molecole.
Il programma utilizzato per effettuare la sovrapposizione strutturale tra le proteine PD1 e PDL1 è Jmol. Si utilizzano metanalisi svolte con software di IA (metodo IPDfromKM) al fine di fornire una panoramica del NSCLC.
RISULTATI
Con Protein Data Bank possiamo osservare le strutture tridimensionali delle proteine. Con JPred possiamo individuare le alfa-eliche e i foglietti beta presenti nella proteina, mentre con TMHMM le eliche trans membrana. Il confronto tra strutture di proteine con Jmol ci permette di evidenziare la presenza di delezioni e inserzioni. Dalle immagini delle metanalisi con IPDfromKM si osserva una significativa riduzione del rischio di morte per tutti i pazienti trattati con una combinazione di immunoterapia più chemioterapia.
CONCLUSIONI
Questo studio darà utili strumenti per prevedere funzioni e comportamenti di molecole simili a quelle studiate, come si evidenzia dagli studi di Overall Survival applicati alle combinazioni di chemio-immunoterapia.
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